Dentre as características diferenciais entre os dois grandes grupos de bactérias Archaea e Eubacteria, destacam-se a natureza química da parede celular, a capacidade de formar endósporos como forma de resistência e a capacidade de suportar altas pressões atmosféricas e salinidades.

A figura apresenta os grupos conhecidos de bactérias.

Constam como principais características das arqueobactérias os fatos de apresentarem uma parede celular