Uma desvantagem do Active Directory (AD) é a incapacidade de operar em conjunto com estações de trabalho baseadas em GNU/Linux.

Todas as diferentes versões existentes de Windows para estações de trabalho podem ser integradas no Active Directory (AD).

A suíte de código aberto Samba possibilita a uma estação de trabalho ou servidores, baseados em Windows, acessar impressoras e arquivos gerenciados por servidores do tipo Unix.

O BitLocker é um mecanismo presente em algumas versões do sistema operacional Windows que, quando ativado, diferentemente do Encrypted File System (EFS), cifra todos os arquivos e pastas existentes em um volume Windows.

As estações de trabalho podem usufruir da virtualização tanto em sistemas operacionais derivados do Unix quanto do Windows, porém apenas ambientes Unix podem oferecer serviços virtualizados.