Ainda no século XVII, o território onde atualmente está localizado o município de Tapejara era povoado pelos indígenas integrantes dos Tapes e Kaingangs. Somente no século XX é que os Coroados passaram a integrar essa região.

Atualmente, os descendentes mais remotos dos Coroados habitam as reservas do Rio Ligeiro, no Município de Charrua e na Reserva do Carreteiro, no Município de Água Santa.

O nome Tapejara surgiu da denominação dada pelos indígenas ao Rio Carreteiro, que em Tupiguarani significa Senhor dos Caminhos.

Embora o povoamento do município tenha ocorrido inicialmente por imigrantes italianos, outras etnias europeias somadas às indígenas e às africanas integram a cultura do povo tapejarense.

A emancipação de Tapejara foi assinada em 9 de agosto de 1955 e era constituída, na época, pelos distritos de Tapejara, Água Santa e Charrua.