As atividades da Auditoria Interna não guardam qualquer similitude com aquelas exercidas pelos integrantes do Sistema de Controle Interno do órgão auditado.

Cumpre à Auditoria Interna verificar a execução do orçamento da entidade, visando comprovar a conformidade com os limites e as destinações estabelecidas na legislação pertinente.

A Auditoria Interna deve orientar, subsidiariamente, os dirigentes da entidade quanto aos princípios e às normas de controle interno, inclusive sobre a forma de prestar contas.

Dentre as atribuições da Auditoria Interna ressalta-se acompanhar a implementação das recomendações da Controladoria Geral da União (CGU) e do Tribunal de Contas da União (TCU), haja vista ser comum por parte dos demais entes federativos, especialmente os municípios, aplicações de recursos federais transferidos.