A seleção adequada de pacientes para o tratamento cirúrgico é o principal fator para sucesso de tratamento. Nos pacientes sem timoma, a cirurgia deve ser feita, idealmente, quando estão presentes aas seguintes características: forma generalizada da miastenia, anticorpo anti-AChR positivo, diagnóstico inicial há menos de 2 anos e suspeita de hiperplasia tímica

O preparo pré-operatório do paciente miastênico pode ser feito de forma multidisciplinar, porém a decisão final sobre indicação, ressecabilidade e risco cirúrgico cabe à equipe de neurologia que conduz a miastenia

Atualmente, há consenso na literatura quanto à maior taxa de sucesso com a abordagem robótica para timectomia, visto que esta técnica é a única que permite completa visualização de timo extra-tímico e tratamento completo da miastenia, com chance de remissão da doença e desmame de tratamento medicamentoso

Para os pacientes miastênicos com anticorpo anti-MuSK positivo, o tratamento cirúrgico tem a maior taxa de sucesso na redução de sintomas e sempre deve ser indicado, se o paciente estiver apto para tal na avaliação de risco cirúrgico

Nos pacientes miastênicos com timoma visível na tomografia de tórax, a timectomia somente pode ser realizada após biópsia do tumor mediastinal e confirmação histológica de timoma