Disponibilização de recursos humanos, adequação de infraestrutura e aumento nos custos de implantação de um sistema de fracionamento não disponíveis na forma unitarizada são desvantagens do SDMDU.

A principal desvantagem do SDMDU é a impossibilidade de automação do processo de fracionamento e reembalagem, que deve ocorrer de forma manual, sob responsabilidade e/ou orientação do farmacêutico.

Diminuição de estoques periféricos, redução de perdas, minimização de erros de transcrição de receitas e diminuição de incidência de erros decorrentes da necessidade de cálculos para ajustes de doses, são vantagens do SDMDU.

A unitarização de doses em serviços de saúde é um procedimento que consiste na subdivisão dos medicamentos de dose única em suas embalagens primárias ou no fracionamento de medicamentos de doses múltiplas em novas embalagens.