Os antibióticos sistêmicos entram nos tecidos periodontais e na bolsa periodontal via saliva e podem afetar organismos que estejam fora do alcance dos instrumentos de limpeza ou quimioterápicos tópicos.

É muito menos efetiva do que a administração de antibiótico local para eliminação de patógenos que residem fundo das bolsas periodontais profundas. O desbridamento mecânico nunca falha na remoção de organismos patogênicos em áreas difíceis de alcançar anatomicamente, como as furcas e concavidades radiculares.

A terapia antimicrobiana sistêmica utiliza antibióticos orais, incluindo amoxicilina, metronidazol, clindamicina, ciprofloxacino e azitromicina. Terapia de combinação de fármacos é, em alguns casos, necessária para abranger o espectro completo de patógenos presentes.

Os antibióticos sistêmicos são indicados no tratamento da gengivite ou da periodontite crônica (não refratária) e infecções periodontais agudas com manifestações sistêmicas (febre e/ ou linfadenopatia).

Candidatos preferenciais à terapia antibiótica são pacientes com periodontite com doença ativa ou história de recorrência de doença que estabilizam após terapia mecânica/cirúrgica.