A grande seleção primária de papéis a serem eliminados ou conservados deve ser feita ainda no arquivo intermediário, no tempo de sua transferência e recolhimento para o arquivo permanente.

Documentos que provam como a instituição foi organizada e como funciona, como diretrizes, documentos fiscais, normas, programas de trabalho, entre outros, não devem ser eliminados, mas retidos.

Devem ser conservados documentos que possam responder a indagações ou problemas técnicos relativos às operações da organização, tais como pesquisas, projetos, materiais didáticos, publicações produzidas, entre outras.

Os processos mais indicados para eliminação de documentos são a fragmentação, a maceração e a alienação por venda ou doação, pois, atualmente, a incineração vem sendo abolida por questões ecológicas e ambientais.