Integram a estrutura organizacional do Tribunal de Contas de Minas Gerais a Auditoria, o Ministério Público junto ao Tribunal, o Tribunal Pleno, as Câmaras, a Presidência, a Vice-Presidência, a Corregedoria, a Ouvidoria, a Escola de Contas e a Capacitação Professor Pedro Aleixo e os Serviços Auxiliares.

Para auxiliar no desempenho de suas funções, o Tribunal poderá instalar unidades regionais em cada uma das macrorregiões do estado.

Os conselheiros serão substituídos, no caso de vaga, faltas ou quaisquer impedimentos, pelos auditores, em regime de rodízio.

Em caso de vacância da Presidência ou da Vice-Presidência, far-se-á nova eleição, salvo se a vaga ocorrer nos seis últimos meses do biênio, caso em que o presidente será substituído pelo conselheiro mais antigo em exercício na função.

A antiguidade no Tribunal será determinada primeiro pela data da posse, depois pelo tempo de serviço público e, por último, pela idade.