A presença de micropoluentes orgânicos não biodegradáveis, como defensivos agrícolas e detergentes, ocasiona toxicidade nas águas, que é causada pela presença de compostos orgânicos sob a forma de sólidos em suspensão.

A presença de micropoluentes inorgânicos tóxicos como mercúrio e chumbo em cursos d’água pode afetar a biota presente nos recursos hídricos e, consequentemente, levar danos aos microrganismos presentes, aos consumidores de água e aos microrganismos responsáveis pelo tratamento biológico de esgotos.

A presença de compostos com elevados níveis de nutrientes como nitrogênio e fósforo nos corpos d’água leva à formação de condições adequadas para a proliferação de organismos como as cianobactérias, que não produzem toxinas com efeitos adversos à saúde, mas que estão relacionadas à degradação da qualidade da água.

Quanto aos parâmetros físico-químicos que representam a qualidade da água, a presença de matéria orgânica nos corpos hídricos pouco se relaciona ao consumo de oxigênio dissolvido na água.