É responsável por dois tipos diferentes de toxinfecção alimentar. Cepas do tipo A causam intoxicação alimentar clássica e as do tipo C causam a enterite necrótica.

Os sintomas da intoxicação alimentar por Clostridium perfringes do tipo A são dores abdominais agudas, diarréia com náuseas e febre, sendo os vômitos raros.

A enterite necrótica, causada por Clostridium perfringes tipo C, é rara. E os casos descritos têm sido associado ao consumo de peixes e crustáceos pescados em águas poluídas onde desaguam os esgotos das grandes cidades litorâneas.

Produz enterotoxinas, que são ativadas pela enzima tripsina. Em seguida, ligam-se a receptores da borda em escova da célula epitelial intestinal causando o surgimento de poros pelos quais extravasa o conteúdo celular, resultando em diarréia.