O jQuery pode ser mais acessível para iniciantes devido à sua sintaxe simplificada, além disso o JavaScript já é obsoleto frente ao JQuery.

O JavaScript puro, embora menos mais performático, tem uma diferença de desempenho que pode ser insignificante em pequenas interações. No entanto, o jQuery é a unica forma para garantir compatibilidade entre diferentes navegadores.

O jQuery simplifica muitas tarefas comuns de JavaScript, como manipulação de DOM e eventos, com uma sintaxe mais curta e fácil de entender. No entanto, animações complexas só podem ser feitas com JavaScript

O uso de JavaScript elimina a dependência de bibliotecas externas pois todas as suas funcionalidades fazem parte da linguagem reduzindo a complexidade do projeto. Porém o jQuery sempre adiciona mais complexidade do que simplificação.

Aprender JavaScript puro pode ser mais vantajoso a longo prazo, pois aprofunda o entendimento da linguagem, mas com o jQuery, geralmente é possível escrever menos código para alcançar os mesmos objetivos.