Uma das características do NTFS, presente em todas as versões dos sistemas operacionais da família Windows, é a possibilidade de cifrar o conteúdo de arquivos e pastas através do EFS (Encrypting File System).

Ao se apagar um arquivo, o mesmo é removido do diretório em que se encontrava e armazenado no recurso de lixeira, que é único por computador e independente de partição ou volume lógico.

Os pontos de restauração do Windows são arquivos criados com cópias das pastas dos usuários e do sistema, sendo, portanto, uma das formas de se efetuar backup.

As pastas podem ser configuradas para compactar ou cifrar automaticamente os arquivos contidos nela. Ao mover arquivos de uma pasta a outra, dentro de uma mesma partição (volume lógico), o arquivo mantém as configurações da pasta de origem.