De acordo com o CPP, as questões prejudiciais, obrigatórias ou facultativas, podem ser reconhecidas, de ofício, pelo juiz da causa principal, sendo prescindível, em qualquer dos casos, a produção antecipada de provas.

Considere que um indivíduo, maior e capaz, tenha feito afirmação falsa, na condição de testemunha, em uma reclamação trabalhista em curso na justiça especializada. Considere, ainda, que, ao final da audiência, o magistrado do trabalho tenha encaminhado as peças ao MPF, e que este tenha ofertado denúncia. Nessa situação, a caracterização do crime de falso testemunho ficará pendente até o encerramento definitivo do processo de reclamação trabalhista, sendo, portanto, uma questão prejudicial heterogênea, e facultativa a suspensão do processo criminal.

As questões prejudiciais submetem-se a juízo de prelibação, no qual o juiz criminal faz a análise da necessidade de suspensão do processo e remessa dos autos ao juízo competente, para que seja dirimida a controvérsia incidental. Caso o magistrado rejeite o pedido de suspensão do processo, caberá recurso em sentido estrito da decisão que ordene o seguimento da ação penal.

As questões prejudiciais homogêneas cominam a obrigatoriedade da suspensão do processo criminal principal e devem ser necessariamente solucionadas pelo juiz da causa principal.

Se, no curso de uma ação penal contra servidor público federal por suposta prática de peculato, na modalidade de apropriação ou desvio de recursos públicos, a defesa apresentar resposta à acusação, alegando regularidade das contas declaradas pelo TCU e idêntico posicionamento encontrado na ação de improbidade administrativa em curso, admitir-se-á a objeção apresentada pela defesa como questão prejudicial heterogênea, o que autoriza a suspensão da ação principal