Em zonas rurais, pode-se observar a poluição dos rios por agrotóxicos através do escoamento superficial das chuvas que incidem da região. Mas este escoamento não transporta outros componentes, como o nitrato, assim não aumentando as concentrações deste nutriente

As maiores quantidades dos nutrientes nitrato e sulfato encontrados em rios poluídos são oriundas de esgotos domésticos, de fezes e uso de detergentes e sabões. Em consequência, a concentração de oxigênio geralmente é baixa devido à proliferação de bactérias para consumir a matéria orgânica disponível

Os efluentes industriais são compostos por ácidos, óleos e metais pesados, que por serem partes dos organismos não possuem toxicidades elevadas. Também são responsáveis pelas maiores cargas de matéria orgânica encontradas em rios poluídos

O escoamento superficial nas grandes cidades são responsáveis pela poluição de rios em grandes cidades brasileiras, levando consigo resíduos plásticos e coliformes fecais prejudiciais aos seres humanos, pois são resistentes em águas poluídas

A ocorrência de diversos pontos de poluição nos rios brasileiros é consequência de políticas públicas que não priorizam a conservação dos rios e bacias hidrográficas e da falta de legislação específica para resolver e evitar este problema ambiental