as lesões bucais são muitas vezes o primeiro sinal da doença, sendo as mais difíceis de resolver com o tratamento.

as bolhas que caracterizam essa doença ocorrem devido a uma produção anormal autoanticorpos que são dirigidos contra glicoproteínas de superfície dos hemidesmossomos (desmogleína 3); essas bolhas são localizadas abaixo do epitélio.

os pacientes que desenvolvem autoanticorpos dirigidos somente contra desmogleína 1 exibirão histopatologicamente fenda intraepitelial superficial na epiderme; porém, a mucosa bucal não será geralmente afetada.

em pacientes que utilizam determinadas medicações, drogas anti-inflamatórias não esteroidais, ou em pacientes com neoplasias malignas, especialmente as neoplasias linforreticulares, podem surgir erupções bucais e cutâneas semelhantes ao pênfigo, sendo, neste caso, a condição denominada pênfigo paraneoplásico.