ambas dependem da utilização de uma fonte de luz de excitação, porém nas reações de bioluminescência a molécula emissora será formada por uma reação química durante o experimento.

ambas dependem de uma reação química durante o experimento para formar a molécula emissora, porém apenas os experimentos de fluorescência dependem da utilização de uma fonte de luz de excitação.

na bioluminescência, a enzima luciferase é expressa apenas em células modificadas geneticamente, enquanto que nos experimentos de fluorescência isso não é possível, sendo sempre necessário que um marcador fluorescente seja injetado no momento do experimento, distribuindo-se por toda a célula ou por todo o corpo do animal.

as reações de luminescência dependem da presença de um substrato que será modificado, formando a molécula que emite luz, enquanto que o uso de fluorescência demanda a presença de uma molécula que depende da excitação com uma fonte de luz externa para gerar a emissão de luz a ser observada.

os métodos são totalmente equivalentes e bioluminescência e fluorescência são apenas nomes diferentes atribuídos por diferentes protocolos utilizados, apresentando as mesmas características em relação à sensibilidade e à presença de background.