O Saeb utiliza testes e questionários para avaliar os níveis de desempenho do conjunto de estudantes avaliados.

Os níveis de desempenho estão descritos e organizados, de modo crescente, em escalas de proficiência de língua portuguesa e matemática para cada uma das etapas avaliadas.

Os testes de língua portuguesa e matemática seguem a BNCC, de 2017.

Uma amostra de estudantes do 9º ano também faz testes de ciências humanas e ciências da natureza, a partir do Saeb 2019.

No ensino fundamental e ensino médio, os diretores e secretários de educação respondem a questionários eletrônicos. Já os demais professores e estudantes respondem a questionários de papel.