O processo de controle físico para as plantas daninhas consiste na utilização de métodos como cobertura morta, solarização; fogo; inundação; dragagem; drenagem; e, eletricidade (corrente elétrica e micro-ondas).

A roçada manual ou mecânica é uma excelente opção para culturas com espaçamentos maiores, como pomares e cafezais, principalmente em terrenos declivosos, onde o controle da erosão é fundamental. O espaço das entrelinhas é mantido roçado e, por meio de outros métodos de controle, a fileira de plantas, em nível, é mantida no limpo. Avalia-se que em terrenos baldios, beiras de estradas e pastagens, a roçada pode ser considerada importante método de controle.

A manutenção dos restos culturais sobre a superfície do solo pode servir como uma barreira física, impedindo a emergência de sementes de plantas daninhas que apresentam pequenas quantidades de reserva, a qual, às vezes, não é suficiente para que a planta ultrapasse a cobertura morta em busca de luz. O processo de decomposição desses resíduos vegetais libera gradualmente uma série de compostos orgânicos denominados aleloquímicos, que podem interferir negativamente na germinação e emergência das plantas indesejáveis. Quanto maior a quantidade de palha maior será a barreira física e maior será a quantidade de compostos aleloquímicos produzidos, o que poderá influenciar negativamente a germinação das plantas daninhas. A quantidade e a qualidade da palha dependem do material de origem, das condições climáticas e do sistema de manejo adotado.

Os métodos de controle mecânico de plantas daninhas são o arranquio e a capina manual, a roçada e o cultivo mecanizado. O arranquio manual de plantas daninhas é o mais antigo de todos os métodos, por não demandar nenhuma ferramenta. É bastante conveniente e eficiente para pequenos canteiros de produção orgânica. A capina manual implica o uso de implementos como enxadas, enxadões, sachos, ou similares. Apresenta rendimento operacional superior ao do arranquio manual, com custo inicial superior por conta da aquisição dos implementos, mas em contraponto seu rendimento permite a adoção em pequenas áreas, em escala superior ao arranquio manual. Essas duas formas de controle mecânico ganharam muita importância em áreas urbanas, pois, de acordo com a Lei nº 6.288/2002, aprovada pela câmara dos deputados em 2009, é proibido o uso de qualquer tipo de agrotóxico em áreas públicas urbanas. O controle mecânico se caracteriza por tornar trabalhoso e oneroso em áreas maiores, o que inviabiliza sua adoção.

Inundação, dragagem e drenagem são métodos de controle usual empregados em diversas regiões do país, pois permitem que as raízes das plantas sensíveis se desenvolvam nesta condição. Em culturas inundadas, como o arroz, o manejo da água é comumente reconhecido como uma importante prática cultural no controle da comunidade infestante de espécies anuais como Echinochloa sp.; Oryza sativa; Sagittaria spp.; Cyperus rotundus; Cynodon dactylon; e, Penisetum clandestinum, pois o processo ocorre por inundação rápida. Tal técnica é eficiente no controle de plantas daninhas não exigente, e que realize formas de manejo para adequar o terreno, pois resulta em custo baixo e controle do gasto de água. Em locais de baixo fluxo de água é comum a grande deposição de lodo que pode propiciar o crescimento vigoroso de determinadas espécies semiaquáticas. Nesta situação, a dragagem do ambiente só poderá ser utilizada como uma eficiente estratégia de controle, se mantiver as estruturas reprodutivas das plantas, como rizomas, tubérculos dentre outros, pois, ao drenar a água do ambiente, as espécies conseguem se desenvolver devido à capacidade de armazenamento.