A escolha do antimicrobiano depende do sítio de infecção, do agente causal, da gravidade, dos dados epidemiológicos, do hospedeiro e do produto a ser utilizado. Uma exceção para a prescrição empírica é a urgência do início do tratamento, prescindido, contudo, da coleta de amostras para cultura, para confirmar ou redirecionar a antibioticoterapia.