De acordo com a Lei n. 8.142/1990, os recursos do Fundo Nacional de Saúde (FNS) serão alocados como:

I – despesas de custeio e de capital do Ministério da Saúde, seus órgãos e entidades, da administração direta e indireta.

II – investimentos previstos em lei orçamentária, de iniciativa do Poder Executivo e aprovados pelo Congresso nacional.

III – investimentos previstos no Plano Bienal do Ministério da Saúde.