O processo de limpeza de instrumental pode ser manual ou automático, e envolve algumas etapas, como: limpeza prévia, descontaminação, lavagem, enxágüe, lubrificação e secagem.

Quando a limpeza for realizada de forma manual, o instrumental deve ser mergulhado, aberto ou desmontado, quando pertinente, em um recipiente apropriado contendo água e detergente, preferencialmente enzimático, à temperatura ambiente. A seguir, deve ser rigorosamente lavado em água corrente, preferencialmente morna.

Para a descontaminação dos instrumentais deve-se utilizar soluções químicas desinfetantes que são ativas em contato com matéria orgânica.

Os detergentes enzimáticos, quando em boa concentração, ajudam a remover uma boa parte de material orgânico do instrumental, sem causar-lhes qualquer dano.

O processo de limpeza escolhido deverá, para garantir uma limpeza profunda, empregar palhas ou esponjas de aço e outros produtos abrasivos, para a remoção de sujidades remanescentes de qualquer etapa do processo de limpeza.