É altamente recomendável que a prestação de contas dos recursos de adiantamento seja feita em conjunto com as prestações de conta de demais recursos, sempre ordenando os documentos fiscais a partir do que apresenta valor mais alto para o mais baixo.

Para prestar contas, o saldo da conta corrente precisa ser coerente com a movimentação realizada, atestando-a por documentos e informações verídicas. No final de um determinado período, estabelecido em lei ou regulamento, todos os documentos fiscais, com as devidas justificativas, devem ser encaminhados à Secretaria de Educação do Estado ou do Município, integrando o relatório da prestação de contas dos recursos, conforme os objetivos de sua aplicação.

Esta prestação de contas pode ser feita somente para a comunidade, por meio de publicação de demonstrativos e do parecer do conselho fiscal, que deve ser lavrado em ata de reunião.

A prestação de contas dos recursos de adiantamento segue os mesmos critérios da prestação de contas dos recursos financeiros privados, que atendem às normas estabelecidas pela instituição concedente e sem a necessidade de prestar contas para a comunidade, por se tratar de recurso de urgência.

No caso de recursos de adiantamento, a prestação de contas deve sempre ser feita diretamente ao Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação, até o último dia do ano do repasse de recursos.