Não se observa nas crianças com síndrome da Zika congênita a presença de artrogripose (contraturas congênitas) e pés tortos congênitos.

Há predileção do vírus pelo nervo ótico com alteração na retina, atrofia macular, além de nistagmo horizontal e degeneração de mácula dificultando a visão periférica.

Entre as anormalidades neurológicas observadas destacam-se a hipotonia global grave com diminuição dos reflexos profundos, irritabilidade, hipoexcitabilidade, choro débil e distúrbio de deglutição, como a disfagia.

Os exames de imagem do Sistema Nervoso Central (ultrassonografia transfontanelar, tomografia e ressonância magnética) mostram marcantes calcificações difusas, puntiformes e predominando na junção córtico-subcortical, podendo estar presente ainda no tronco, núcleos da base e região periventricular.