Embarcações que estejam efetuando a passagem inocente não necessitam de autorização especial de trânsito, de acordo com as regras de direito marítimo internacional, estando sujeitas apenas à verificação de praxe da documentação exigida por acordos, normas e convenções internacionais aplicáveis, ratificadas pelo governo brasileiro.

Embarcações de pesquisa ou investigação científica não autorizadas a efetuar essas atividades em AJB deverão comunicar ao governo brasileiro, por via diplomática, com antecedência mínima de trinta dias, qualquer visita às AJB e a portos brasileiros, sendo vedadas quaisquer coletas de dados ou de informações científicas.

Somente a embarcação de bandeira estrangeira deverá comunicar, de imediato, à Capitania dos Portos (CP) da área de jurisdição, o fato de que, por qualquer motivo, tenha parado as máquinas ou fundeado no mar territorial brasileiro (A comunicação deverá informar: a posição da embarcação, o motivo da parada ou fundeio, a hora estimada de partida e o porto de destino). A CP poderá determinar outro local de parada ou fundeio, a seu critério, quando a posição escolhida não for conveniente aos interesses da segurança da navegação, da salvaguarda da vida humana no mar e à prevenção da poluição ambiental.

As arribadas de embarcações de pesca estrangeiras, não autorizadas a operar em AJB, para portos nacionais, são consideradas não justificadas, sendo facultativa a instauração do devido inquérito administrativo.

A Autoridade Marítima, conforme legislação em vigor, coordenará o estabelecimento e a divulgação, a serem realizados pela Capitania dos Portos, do calado máximo de operação dos navios, do porte bruto máximo e das dimensões máximas dos navios que trafegam nos portos brasileiros, bem como a delimitação, nas Áreas de Porto Organizado (APO), das áreas de fundeadouro, de fundeio para carga e descarga, de inspeção sanitária e de polícia marítima, bem como as destinadas a plataformas, demais embarcações especiais, navios de guerra e submarinos, navios em reparo ou aguardando atracação e navios com cargas inflamáveis e explosivos.