A PNAISC se estrutura em sete eixos estratégicos, incluindo atenção humanizada à gestação, promoção do aleitamento materno, acompanhamento do crescimento e desenvolvimento, atenção a agravos prevalentes e doenças crônicas, enfrentamento das violências, atenção às crianças com deficiência ou em situação de vulnerabilidade e vigilância do óbito infantil, fetal e materno.

A PNAISC prioriza exclusivamente ações hospitalares e especializadas, não contemplando a atenção básica como eixo estruturante do cuidado à saúde da criança.

O aleitamento materno é abordado pela PNAISC apenas no período pós-natal imediato, sem articulação com ações iniciadas durante a gestação.

A vigilância do óbito infantil e fetal não integra os eixos estratégicos da PNAISC, sendo responsabilidade exclusiva dos serviços de vigilância epidemiológica.