Cabe ao Conselho Municipal de Saúde acompanhar e fiscalizar a gestão local dos recursos pelo Fundo Municipal de Saúde.

As transferências automáticas de recursos financeiros são repasses regulares feitos pelos municípios para o Fundo Nacional de Saúde.

Os repasses de recursos, Fundo a Fundo, para aplicação nos municípios depende de celebração de convênios entre o Ministério da Saúde e as secretarias municipais de saúde.

Todos os recursos financeiros alocados na saúde nos municípios devem ser administrados pelo Fundo Nacional de Saúde.