As técnicas citológicas para diagnóstico intraoperatório têm pouca utilidade na avaliação do comprometimento linfonodal por carcinomas metastáticos.

Esfregaços citológicos obtidos pela técnica de esmagamento têm pouca utilidade em amostras provenientes do sistema nervoso central, pois os esfregaços são invariavelmente inconclusivos para diagnóstico e geram consumo excessivo da amostra.

É um exemplo comum de solicitação inapropriada de exame patológico intraoperatório a avaliação de nódulos tireoidianos, pois, em grande parte dos casos, o patologista não consegue definir se o nódulo é maligno ou benigno.

É cada vez menor a incidência de solicitação do exame de consulta patológica intraoperatória para o estabelecimento do diagnóstico inicial de uma neoplasia, e assim o cirurgião poder definir a conduta cirúrgica, em virtude do desenvolvimento de modernas técnicas invasivas de biópsia pré-operatória.

O exame macroscópico das peças cirúrgicas e biópsias não tem valor diagnóstico tendo em vista que o diagnóstico patológico intraoperatório é feito exclusivamente pelo exame microscópico.