As substâncias sujeitas a controle especial e os medicamentos que as contêm devem ser guardados sob chave ou outro dispositivo que ofereça segurança, em local exclusivo para esse fim e sob a responsabilidade do farmacêutico ou outro funcionário. A dispensação dessas substâncias deve ser feita por qualquer funcionário.

Os balanços contendo substâncias da lista C2 (lista das substâncias retinoicas), assim como documentos referentes a entradas e saídas, devem ser arquivados no estabelecimento por dois anos. A documentação referente à movimentação de medicamentos ou às substâncias pertencentes às demais listas precisa ser arquivada por três anos. Ao fim dos prazos, os documentos podem ser destruídos.

Nas farmácias públicas, a prescrição deve ser feita opcionalmente pelo nome genérico e a dispensação respeitará a disponibilidade de produtos.

Nas farmácias privadas, a prescrição pode ser realizada obrigatoriamente pelo nome genérico. Medicamentos similares não intercambiáveis podem ser dispensados apenas quando prescritos pela respectiva marca comercial, não sendo permitida a substituição.

Aplicam-se aos produtos sujeitos a controle especial as mesmas regras de substituição dos demais medicamentos. Portanto, há intercambialidade entre o medicamento de referência e o genérico e também entre o medicamento de referência e o similar equivalente.