Com relação à biossegurança, os laboratórios de Microbiologia são classificados de acordo com as operações realizadas, as prováveis vias de contaminação e as atividades do laboratório. Um laboratório que executa análises de amostras de água para pesquisar a presença de indicadores microbiológicos, bactérias patogênicas, vírus entéricos e protozoários patogênicos possui nível de segurança biológico