a microscopia eletrônica de varredura é uma técnica que pode permitir a formação de imagens das superfícies de espécimes inteiros, porém uma de suas limitações é que a micrografia obtida nesta técnica tem um aspecto unicamente bidimensional.

a microscopia eletrônica de criofratura é uma técnica comumente usada para a observação de membranas celulares.

a microscopia de contraste de fase permite acentuar as diferenças nos índices de refração existentes entre vários componentes celulares, possibilitando o exame de estrutura e movimento de organelas maiores (como o núcleo e mitocôndrias), tecidos vivos, transparentes e sem coloração.

na microscopia de fluorescência comum, constituintes celulares podem ser identificados e localizados se tiverem autofluorescência ou se corantes fluorescentes forem combinados a constituintes celulares.

o microscópio de polarização apresenta semelhança ao microscópio de luz, porém o primeiro contém adicionalmente dois primas ou discos polarizados. Na análise de células, por exemplo, um disco atua como polarizador (colocado abaixo do condensador) tendo como função a iluminação das células com um feixe de luz polarizada, e o outro disco (entre as objetivas e oculares) serve para análise de células sobre o feixe polarizado.