Integram o Poder Judiciário da União ou dos Estados-membros, conforme for o caso, tendo suas decisões força executiva a ser realizada por processo na instância que a expediu.

É vedada a criação de tribunal de contas municipais, enquanto órgão da estrutura local, sendo ressalvados os já existentes por ocasião da edição de Constituição Federal de 1988.

Em atenção ao princípio da autonomia federativa, não pode o Tribunal de Contas da União realizar fiscalizações sobre despesas públicas estaduais ou municipais, ainda que envolvam verbas federais.

Os tribunais de contas dos Estados-membros exercem o controle sobre a atividade financeira do respectivo Estado-membro e dos Municípios existentes em seu território, sendo proibida a criação de tribunal de contas, como órgão estadual, específico para os Municípios.