Foi aprovada a lei da Reforma Universitária, cujo projeto de lei foi submetido à Consulta Pública e enviado ao Congresso, tendo recebido várias emendas e sendo incorporado ao projeto 4.212/2004, quando tramitou na Câmara dos Deputados.

Nas gestões de Tarso Genro e Fernando Haddad, as políticas de educação superior desenvolvidas enfatizaram o acesso a esse nível de educação, sobretudo, pela ampliação da rede federal e pela oferta de bolsas nas instituições privadas.

A gestão de Cristovam Buarque foi marcada pela discussão dos rumos da avaliação e pela aprovação da lei de inovação sobre a utilização de recursos das universidades pelas empresas e a transferência de tecnologia daquelas para estas.