O Iptables e o Ipchains podem trabalhar em conjunto com o Squid, visando à implementação da solução de proxy transparente. Esse é um recurso que elimina a necessidade de configuração do proxy no navegador, obrigando que o acesso aos sítios da Internet seja feito por meio do Squid, em que pode-se definir políticas de acesso. Para isso, faz-se necessário que o Squid seja configurado no mesmo computador do firewall, no qual devem ser incluídas regras específicas para permitir o funcionamento do proxy transparente. Para cada um dos casos (Ipchains e Iptables), portanto, seria necessária a inclusão, no mínimo, das regras a seguir, admitindo-se que estejam sendo usados o arquivo de configuração padrão do Squid e a interface de rede eth1 como referência.