O emprego do “Por que”, separado, está correto, uma vez que está sendo utilizado em uma frase interrogativa indireta.

O emprego do “Por que”, separado, está correto, uma vez que está sendo utilizado em frases afirmativas e em respostas.

O emprego do “Por que”, separado, está incorreto. O correto seria: “Porquê a Microsoft deixou 855 computadores no fundo do oceano por dois anos.” Ou seja, significa "causa", "razão", "motivo".

“Por que”, separado, foi empregado corretamente. Ademais, também estaria correto trocar “Por que” por “Por quê”, sem qualquer outra alteração no período.