Existem problemas ligados ao diagnóstico bacteriológico de infecções do trato respiratório relacionados à interpretação dos resultados, uma vez que muitas amostras sofrem contaminação pelos micro-organismos não patogênicos encontrados no trato respiratório. Muitas amostras são aceitáveis para este diagnóstico, porém, outras não. Constitui amostra inadequada para diagnóstico de infecções do trato respiratório: