A transmissão pode ocorrer de forma indireta, principalmente através do contato com secreções (saliva, sangue, urina, fezes) ou contato físico como arranhaduras ou mordeduras. De forma direta, pode acontecer por meio de vetores como mosquitos e pulgas, por contato direto com secreções, pelo consumo de alimento contaminado com o agente (viral, bacteriano, fúngico ou parasitário), entre outras.

Compreendem uma grande porcentagem de todas as doenças infecciosas recém-identificadas, bem como muitas das existentes. Algumas doenças, como o HIV, começam como zoonoses, mas depois se transformam em cepas exclusivamente humanas. Outras, podem causar surtos de doenças recorrentes, como o vírus Ebola e a salmonelose.

Os patógenos representam um grande problema de saúde pública em todo o mundo, devido à nossa estreita relação com os animais no ambiente doméstico, na agricultura e no ambiente natural. As zoonoses também podem causar interrupções na produção e no comércio de produtos de origem animal para alimentação e outros usos.

A resistência antimicrobiana é um fator complicador no controle e prevenção de zoonoses. O uso de antibióticos, em animais criados para alimentação, é generalizado, aumentando o potencial de cepas de patógenos zoonóticos resistentes a medicamentos, capazes de se espalhar rapidamente em populações animais e humanas.