Considerando o Decreto nº 7.611, de 17/11/2011, que dispõe sobre a educação especial, o atendimento educacional especializado prevê a estruturação de núcleos de acessibilidade nas instituições federais de educação superior. Para acompanhamento interno, o IFSP criou o Núcleo de Apoio às Pessoas com Necessidades Educacionais (NAPNE), que trabalha juntamente com os docentes e demais setores pedagógicos e administrativos, visando promover a prática democrática e as ações inclusivas para estudantes com deficiência, com transtorno do espectro autista e com altas habilidades/superlotação como diretrizes dos câmpus, entre outros objetivos.

O decreto supracitado também menciona o acompanhamento e monitoramento externo à instituição ao qual o aluno está vinculado. Tal tarefa compete aos seguintes órgãos externos: