Os indicadores de mortalidade foram durante anos os únicos utilizados para a identificação de problemas prioritários de saúde da população, sendo hoje pouco utilizados para a tomada de decisão em saúde por não descreverem as situações de morbidade.

No âmbito do Ministério da Saúde, o Sistema de Planejamento do SUS substitui as exigências constitucionais e legais de elaboração do Plano Plurianual (PPA), da Lei de Diretrizes Orçamentárias (LDO) e da Lei Orçamentária Anual (LOA).

Os serviços hospitalares são os responsáveis pela resolução da maioria dos problemas sanitários do país. Assim, nada adianta planejar o sistema de saúde de maneira que seja fortalecida a atenção primária sem uma ampla expansão dos serviços de média e de alta complexidade.

O Sistema de Planejamento no SUS estabelece como instrumentos básicos para o planejamento: o plano de saúde, a programação anual de saúde e o relatório anual de gestão.

Os sistemas de informação em saúde têm conseguido monitorar de forma suficiente as doenças não transmissíveis, superando a necessidade de se utilizar as informações relacionadas à prestação de serviços ambulatoriais e hospitalares para monitorar esse grupo de doenças.