O controle interno subordina-se ao controle externo, caracterizando-se hierarquicamente como auxiliar dos tribunais de contas.

Esses controles atuam de forma autônoma e independente, devendo apenas assegurar a ciência recíproca de eventuais ilegalidades identificadas.

O controle externo e interno, alcançam matérias diversas, porém devem ser executados de forma coordenada, podendo, para maior eficácia, os controles externos e internos procederem à delegação recíproca de poderes e atribuições.

Os responsáveis pelo controle interno que tomem ciência de irregularidade ou ilegalidade estão obrigados a dela dar ciência ao Tribunal de Contas, sob pena de se tornarem solidariamente responsáveis.

O controle externo, exercido pelo Poder Legislativo com o auxílio dos tribunais de contas, e o controle interno, existente no âmbito de cada poder, atuam de forma coordenada, não cabendo a fiscalização de um deles quando o outro já tenha atuado.