Apresenta-se como um grande complexo gênico cujas moléculas apresentam antígenos proteicos às células do sistema imune, participando assim de processo de adaptação de tecidos, como nos enxertos.

Os genes HLA de classe I são pouco polimórficos, respondendo fracamente pela codificação das moléculas de histocompatibilidade clássicas.

Devido a seu papel central na regulação e resposta imune, complexo HLA é o único sistema genético relacionado à susceptibilidade a diversas doenças.

Os genes de classe II são subdivididos apenas em 2 regiões: -DR e -DQ.

O sistema HLA é localizado no braço curto do cromossomo 22.