O departamento de auditoria deve ser estruturado para realizar modalidades de auditoria como a contábil, a tributária, a de gestão e a de sistemas informatizados. Cabe à auditoria de sistemas informatizados, que não segue a mesma linha de raciocínio da auditoria operacional, contemplar a otimização das atividades do auditor, a validação dos sistemas computadorizados e a avaliação dos riscos relacionados com as atividades de processamento de dados da organização.