São animais que possuem homozigose do genoma de, no mínimo, 80%.

Cada linhagem isogênica possui características fenotípicas distintas e igualdade genética.

Caso o pesquisador receba uma linhagem isogênica sem a geração definida, ele não poderá, sob nenhuma circunstância, continuar as gerações em seu biotério.

É essencial para o controle das linhagens isogênicas que seja mantido o histórico dos acasalamentos (gerações) e que o biotério defina técnicas para monitoramento genético.

Para a detecção de mutações ou contaminações a técnica de monitoramento mais utilizada na atualidade é o transplante de pele entre os indivíduos da mesma linhagem, já que evita a possiblidade de falsos positivos ou negativos.