A planta baixa da agroindústria deve possibilitar um fluxo contínuo da produção, de forma que não haja contato do produto processado com a matéria-prima no ambiente de processamento. Deve prever um bloqueio sanitário para a entrada exclusiva do pessoal diretamente envolvido no processamento.

As áreas de recepção da matéria-prima, processo e a área de estoque de produtos acabados devem ser juntas. Pessoas e objetos lotados em cada área não deverão transitar para outras áreas, o que evita contaminações cruzadas entre diversos estágios do processo.

O piso da área de processamento deve ser resistente, de fácil lavagem, derrapante e apresentar declive de 1% a 2% em direção aos drenos. Ralos devem ser conectados e abertos.

O piso externo deve apresentar superfície que facilite a limpeza e que gere poeira ou lama e, portanto, com caimento adequado. A área externa deve ser suficiente para o estacionamento e manobra de veículos. Recomenda-se construir calçada de um metro (1,00 m) em torno de todo o prédio da agroindústria, para facilitar movimentações e inspeções no entorno.

Paredes devem ter altura suficiente para determinar um pé direito de 1,00 m. Internamente, devem possuir um revestimento permeável com acabamento liso e de cores claras. As tintas com base epóxi têm sido recomendadas em virtude de permitirem fácil lavagem, pois seu acabamento pode ser perfeitamente liso, sem apresentar locais de difícil acesso à limpeza, a exemplo dos rejuntes entre azulejos. As paredes devem ser limpas rotineiramente. Devem, ainda, possuir acabamento arredondado em quaisquer junções com pisos, outras paredes ou lajes de teto, evitando-se cantos mortos. Externamente, as paredes podem ser pintadas com tinta a óleo comum, resistente a exteriores.