O financiamento do Componente Básico da AF é responsabilidade dos três entes federados. A responsabilidade pela aquisição e pelo fornecimento dos itens à população fica a cargo do ente municipal, ressalvadas as variações de organização pactuadas por estados e regiões de saúde.

As Secretarias Estaduais da Saúde são responsáveis pela aquisição e distribuição dos medicamentos insulina humana NPH, insulina humana regular, clindamicina 300 mg e rifampicina 300 mg, essa última exclusivamente para tratamento de hidradenite supurativa moderada.

As Secretarias Municipais da Saúde são responsáveis pela aquisição dos itens que compõem o Programa Saúde da Mulher: contraceptivos orais e injetáveis, dispositivo intrauterino (DIU) e diafragma.

O financiamento do Componente Especializado da AF é destinado à aquisição de medicamentos e insumos relacionados em programas de saúde do SUS, para o atendimento de pessoas acometidas por tuberculose, hanseníase, malária, leishmanioses, doença de Chagas, cólera, esquistossomose, filariose, meningite, tracoma, micoses sistêmicas, bem como outras doenças decorrentes e perpetuadoras da pobreza.

Os medicamentos pertencentes ao Grupo 1B do Componente Estratégico da AF são financiados pelo MS mediante transferência de recursos para aquisição pelas secretarias de Saúde dos estados e do Distrito Federal.