Apesar do inquérito policial militar ser a apuração sumária de fato, que, nos termos legais, configure crime militar, e de sua autoria, e de ter o caráter de instrução provisória, cuja finalidade precípua é a de ministrar elementos necessários à propositura da ação penal, os exames, perícias e avaliações realizadas regularmente no curso do inquérito, por peritos idôneos e com obediências às formalidades previstas no código de processo penal militar, são efetivamente instrutórios da ação penal.

Não compete à Polícia Judiciária Militar requisitar da polícia civil e das repartições técnicas civis as pesquisas e exames que possam vir a ser necessários ao complemento e subsídio de inquérito policial militar.

O inquérito policial militar é iniciado mediante portaria, e sua instauração só pode ser realizada de ofício, por determinação ou delegação de autoridade superior, em virtude de requisição do ministério público, por decisão do Superior Tribunal Militar e quando de sindicância feita em âmbito de jurisdição militar, que resulte indício da existência de infração penal militar.

A designação de escrivão para o inquérito caberá somente à autoridade delegante, recaindo em segundo ou primeiro-tenente, se o indiciado for oficial, e em sargento, subtenente ou suboficial, nos demais casos.