A doença de Whipple não tratada, não é fatal, a antibioticoterapia, na maioria dos pacientes, leva à melhora rápida.

É tradicionalmente vista como uma doença gastrintestinal, porém, na maioria dos casos, começa insidiosamente com artropatia, que consiste em doença articular soronegativa, crônica, migratória, não destrutiva envolvendo articulações periféricas.

É um distúrbio sistêmico crônico de origem infecciosa caracterizado por envolvimento de múltiplos órgãos e comprometimento proeminente do trato gastrintestinal, linfonodos, endocárdio e sistema nervoso central.

É também chamada de lipodistrofia intestinal.