É um processo que, por sua complexidade, deve ser realizado periodicamente, envolvendo o menor número possível de profissionais, de preferência farmacêuticos.

Deve-se considerar preferencialmente a relação custo-benefício dos medicamentos com a finalidade de redução dos custos operacionais.

A seleção de antimicrobianos deve ser realizada em conjunto com a CCIH, visando, preferencialmente, aos novos antibióticos disponíveis no mercado e para os quais a ecologia hospitalar seja sensível.

Deve-se priorizar a inclusão de associações fixas que facilitam os esquemas terapêuticos e a adesão dos pacientes ao tratamento.

Deve-se eleger, entre os medicamentos de mesma indicação e eficácia, aqueles com menor toxicidade relativa e menor custo de tratamento, mas com maior comodidade posológica.