No Vale do Guaporé são encontradas Reservas Extrativistas (a exemplo de Cautário), Reservas Biológicas (como Guaporé), um Parque Nacional (PARNA Pacaás Novos) e um Parque Estadual (Serra dos Reis).

No Parque Estadual da Serra dos Reis, observa-se a presença de palmeiras como açaí, murumuru, babaçu e paxiúba, e ainda campos de várzea e terra firme, que, entretanto, têm sido alvo de extração ilegal de madeira.

Na Reserva Biológica Guaporé, localizada nos municípios de São Francisco do Guaporé e Alta Floresta do Oeste, os principais conflitos socioambientais se relacionam à exploração de ouro e terras raras nas áreas de terras indígenas.

No Vale do Guaporé existem quatro terras indígenas que sofrem constantes ameaças pelo avanço da agropecuária, pela extração ilegal de madeira, em decorrência da ação ilegal de garimpeiros que poluem os rios e em razão do desmatamento.

No PARNA Pacaás Novos, criado em 1979, observa-se, sobretudo na Serra do Onça, que integra sua área e se localiza a 30 km do município de São Miguel, processos de ocupação e impactos ambientais como desmatamento e expansão da malha viária.