Os fragmentos teciduais cujas margens estejam previamente marcadas com tinta da China devem ser posicionados de forma que as marcas de tinta sejam visualizadas na secção.

Se uma das faces do fragmento tiver sido marcada com tinta da China, a superfície pintada deverá ser posicionada para cima, em oposição à superfície que será cortada pela navalha. Nesta situação a tinta não deverá estar visível nos cortes.

Na rotina de laboratórios de anatomia patológica, os cortes tem espessura média de 4 a 6 micrômetros, mas outras espessuras podem ser selecionadas, de acordo com as características dos materiais a serem avaliados.

O posicionamento do bloco no micrótomo não altera a qualidade das secções. Ângulos de 2 a 45 graus podem ser utilizados sem perda da qualidade dos cortes.